John Milton lahir di Bread Street, London, pada 9 Desember 1608, sebagai putra dari komposer John Milton dan istrinya, Sarah Jeffrey.
John Milton yang lebih tua (1562–1647) pindah ke London sekitar tahun 1583 setelah dicabut hak warisnya oleh ayahnya yang Katolik taat, Richard "the Ranger" Milton, karena memeluk agama Protestan.
Di London, John Milton yang lebih tua menikahi Sarah Jeffrey (1572–1637) dan meraih kesuksesan finansial sebagai jurutulis. Ia tinggal dan bekerja di sebuah rumah di Cheapside, Bread Street, dekat dengan Mermaid Tavern.
Milton yang lebih tua dikenal karena keterampilannya sebagai komposer musik, yang menumbuhkan apresiasi seumur hidup anaknya terhadap musik dan menjalin persahabatan dengan musisi seperti Henry Lawes.
Kemakmuran ayah Milton memungkinkan putra sulungnya mendapatkan pendidikan dari guru privat, Thomas Young, seorang Presbyterian Skotlandia dengan gelar MA dari Universitas St Andrews.
Pengaruh Young membawa penyair tersebut pada radikalisme agama.Setelah bimbingan Young, Milton masuk Sekolah St Paul di London, di mana ia mulai belajar bahasa Latin dan Yunani.
Bahasa klasik ini meninggalkan jejak pada puisi dan prosa berbahasa Inggrisnya (ia juga menulis dalam bahasa Latin dan Italia).
Komposisi pertama Milton yang dapat ditentukan tanggalnya adalah dua mazmur yang ia tulis pada usia 15 tahun di Long Bennington.
Dalam catatan John Aubrey, Milton belajar sangat keras dan sering begadang hingga larut malam, bahkan hingga pukul dua belas atau satu malam.
