Aubrey juga mencatat bahwa kulitnya sangat putih, sehingga ia dijuluki "Lady of Christ's College."
Pada tahun 1625, Milton diterima di Christ's College, Universitas Cambridge, dan lulus dengan gelar BA pada tahun 1629, menduduki peringkat keempat dari 24 lulusan kehormatan tahun itu.
Saat itu, ia sedang mempersiapkan diri untuk menjadi pendeta Anglikan.
Ia tetap tinggal di Cambridge dan memperoleh gelar MA pada 3 Juli 1632. Milton mungkin pernah dikucilkan (diskors) pada tahun pertamanya di Cambridge akibat perselisihan dengan gurunya, Uskup William Chappell.
Berdasarkan pernyataan John Aubrey, Chappell "mencambuk" Milton, meskipun kisah ini masih diperdebatkan.
Sejarawan Christopher Hill mencatat bahwa Milton kemungkinan besar dikucilkan karena perbedaan agama atau alasan pribadi.
Ada kemungkinan juga bahwa, seperti Isaac Newton empat dekade kemudian, Milton dipulangkan dari Cambridge akibat wabah yang melanda pada tahun 1625.Milton dikenal luas berkat "Paradise Lost," yang dianggap sebagai puisi epik terbesar dalam bahasa Inggris.
Bersama "Paradise Regained" dan "Samson Agonistes," karyanya mengukuhkan reputasi Milton sebagai salah satu penyair Inggris terbesar.
Dalam karya prosanya, ia menganjurkan penghapusan Gereja Inggris dan eksekusi Charles I.
